El máximo órgano de dirección del IEP es su Asamblea de Asociados, que en la actualidad cuenta con 47 integrantes. Cada dos años, dicha Asamblea elige a un Director o Directora General y a un Consejo Directivo que dirige el funcionamiento del Instituto. El Consejo Directivo está integrado por siete miembros que se encargan de la dirección cotidiana del Instituto. El Director o Directora General ejerce la conducción coordinando con el Consejo Directivo.